南京工程学院是几本要根据所在地的教育部门的实际划分进行判断。

一般情况下，教育部门并无明确规定将其定义为一本或二本学校。

例如，南京工程学院在全国大多数省市都在本科第二批次招生，因此通常被认为是一所二本大学。

不过也有部分专业是一本招生，如在山东既有本科一批次招生也有本科二批次招生。

因此，具体是几本可以根据生源地招生情况来判断。

请注意，学校的具体分类可能因时间、地域等因素而异，建议考生在填报志愿时结合具体情况进行参考。